Налоговая база по НДПИ определяется налогоплательщиком самостоятельно в отношении каждого добытого полезного ископаемого. Она определяется отдельно по каждому добытому полезному ископаемому исходя из размера налоговой ставки. Минфин рассмотрел вопрос об исчислении НДПИ в отношении нефти, добытой на участках недр со степенью выработанности более 80%.
    С 1 января 2013 года выросла ставка на добычу нефти обезвоженной, обессоленной и стабилизированной (с 446 рублей до 470 рублей за 1 тонну). Для исчисления налоговой базы указанную налоговую ставку нужно умножить на коэффициент, характеризующий динамику мировых цен на нефть (Кц), на коэффициент, характеризующий степень выработанности конкретного участка недр (Кв), и на коэффициент, характеризующий величину запасов конкретного участка недр (Кз).